Tras la caída del Imperio, se dictó una orden de expulsión de Francia sobre los Bonaparte.
En agosto de 1815, José Bonaparte emprendió una nueva vida en las inmediaciones de Filadelfia (Estado Unidos), en la plantación Point Breeze, con el nombre de 'Conde de Survilliers'.

De otra parte, personajes nostálgicos del antiguo Imperio de Francia, como Joseph Lakanal, el mariscal Emmanuel de Grouchy, los generales Charles François y Henry Lallemand y el banquero Stephen Girard, habían formado en Texas (junto a la frontera con México) una Alianza o Confederación Napoleónica, establecimiento par los bonapartistas exiliados, con el objetivo de levantar una plataforma política desde donde podían plantearse nuevas ofensivas en Europa e incluso en Latinoamérica.

En esta línea, a principios de 1816, la hacienda de Point Breeze fue visitada por distintos personajes, como Joseph Lakanal y Charles François Lallemand que representaban a la Alianza Napoleónica, precedida de una comisión de insurgentes hispano-mexicanos que solicitaban apoyo económico para la independencia de México.

Parece ser que, según el memorial de José Alvarez de Toledo y Gonzaga 'Marqués de Villafranca', marido de doña María Teresa Cayetana de Silva y Alvarez de Toledo 'Duquesa de Alba', el acercamiento a José Bonaparte del ex guerrillero español Francisco Javier Mina 'El Mozo', implicado en la emancipación de México, y de los generales franceses Lallemand y Girard, manifiesta que a José Bonaparte se le ofreció la corona de México, mientras que a su hermano Luciano Bonaparte se le quería instalar en el trono de París.

Muchos indicios, y demasiados autores, se inclinan a dar crédito de que José Bonaparte, rechazó la idea aconsejando un régimen republicano para México.

Durante la estancia en Estados Unidos, José Bonaparte mantuvo una comunicación fluida con el Emperador en su retiro de Santa Elena, convirtiéndose en un referente para los franceses que se exiliaban o viajaban a Estados Unidos.
Por otro lado, su fortuna llegó a incrementarse considerablemente producto de las inversiones realizadas en el ferrocarril entre Nueva York y Filadelfia.

En 1821 después de conocer la muerte de su hermano Napoleón, tuvo que asumir la condición de hermano mayor asumiendo delicadas responsabilidades, como la de reconducir la decidida voluntad del Marqués de Lafayette de proclamar soberano de Francia a Napoleón II, rey de Roma, hijo de Napoleón y María Luisa de Austria, frente al borbón absolutista Carlos X (hijo menor de Luis 'Delfín de Francia', hermano menor de Luis XVI y Luis XVIII).

Respecto a la situación familiar, José Bonaparte pasó la mayor parte de su vida lejos de su mujer Julia Clary y sus hijas Zenaida y Carlota.

Durante el episodio americano (1815 - 1832), su esposa Julia, a la que no afectaba la expulsión de los Bonaparte, permaneció en Europa junto a sus hijas. Con la posibilidad de acogerse a la nacionalidad sueca - su hermana Désirée, casada con el mariscal Jean Baptiste Bernadotte, era reina de Suecia desde 1810 - se instaló primero en Alemania (Westfalia), después en Bélgica y, finalmente, en Italia.

Después de una intentona de Fernando VII de casarse con una de las hermanas, cuando aún eran niñas, y el monarca español se encontraba prisionero en Valençay.

Las hijas Zenaida y Carlota, que ostentaron el título de Infantas de España durante el efímero reinado de José I, fueron creciendo.

La hija menor, Carlota 'Lolotte' se casó con su primo Napoleón Luis Bonaparte (hijo de Luis, ex rey de Holanda), enviudando en 1831.
Después tuvo una agitada vida amorosa en Florencia (Italia), quedó embarazada de un hombre casado, el Conde Jaroslav Potocki.
En un intento de mantener oculto el embarazo, emprendió un viaje por Europa. Una fuerte hemorragia le hizo detenerse, tras una operación murió en marzo de 1839.

José Bonaparte, lejos de su familia, en una mansión inmensa, con unos salones que albergaron a lo más representativo del arte y de la cultura, mantuvo amores conocidos en las crónicas de la época. Con Annette Sauvage (descendiente de la india Pocahontas, hija del jefe indio Powhatan) con la que tuvo dos hijas, y a la que casó con su ayudante Charles Delafollie, enviándoles a sus posesiones de Black River. Después comenzó un idilio con Emily Hénart, esposa de un conocido periódico americano.

Los hechos relacionados con la Revolución Industrial de 1830, y la nostalgia de la vieja Europa, hicieron que en 1832 se trasladase a Londres.

La muerte de su hija Carlota 'Lolotte' en 1839 fue el golpe definitivo para regresar con su familia.
En 1841 consiguió permiso para vivir en Italia con su esposa Julia Clary. Instalado en el Palacio Serristori de Florencia, le dio una apoplejía que le paralizó medio cuerpo.
José Bonaparte moría el 28 de julio de 1844, recibiendo sepultura en Florencia.
Julia Clary moría en 1845, siendo enterrada en la basílica florentina de la Santa Croce.

En 1862 su sobrino Napoleón III [Carlos Luis Napoleón, Presidente de la República de Francia (1849) y Emperador (1852) hasta su derrocamiento en 1870 tras la derrota de Sedán, donde Napoleón III se rindió ante Otto von Bismarck 'El Canciller de Hierro', artífice de la unidad alemana], ordenó el traslado de sus restos a París.
En la actualidad, José Bonaparte reposa bajo la cúpula de 'Los Inválidos' muy cerca de Napoleón.