Panteón de Hombres Ilustres de España Constitución de 1837 Constitución de 1869 
La Ley de Desamortización (Real Decreto del 25-VII-1835) del Ministro de Hacienda, Juan Álvarez de Mendizábal, expropia algunas de la propiedades de la Iglesia. Entre otros, San Francisco el Grande, de la que fueron expulsados los franciscanos en 1836.
Después de la revolución de 1868, el historiador y político Ángel Fernández de los Ríos propuso de nuevo la realización del Panteón, estableciendo un triángulo ente el Palacio Real, el Panteón y el Congreso de los Diputados, quedando unido por una calle que habría de llamarse Nacional.
El gobierno de Ruiz Zorrilla, por decreto de 31 de mayo de 1869, establecía la creación de una comisión de expertos encargada de inaugurar el Panteón. La comisión formada por Ángel Fernández de los Ríos, Salustiano Olózaga Almandoz, Fermín Caballero y Morgay, Juan Eugenio Hartzenbusch, Ventura Ruiz Aguilera, Francisco Silvela y de Le Vielleuze, Estanislao Figueras y Moragas, Pere Borrell y Antonio Gisbert, disponía del plazo de un mes para investigar el paradero de los restos de hombres ilustres y proceder a su traslado, sin perjuicio para familiares, descendientes y corporaciones.
Se buscaron sin éxito los restos de Luis Vives en Brujas (Bélgica), los de Antonio Pérez (secretario de Felipe II) en París, los de Cervantes, Lope de Vega, Juan de Herrera, Velázquez, Jorge Juan y Claudio Coello en Madrid, los de Tirso de Molina en Soria, y los de Mariana y Moreto en Toledo. Después de la infructuosa búsqueda se llegó a la conclusión que estos restos se habían perdido definitivamente. También se buscaron las cenizas de Pelayo, el Cid, Guzmán el Bueno, Murillo, Juan de Juanes, Arias Montano, Vallés, Melo, Jovellanos, Campomanes, Floridablanca, Goya, etc., y se comprobó que la gran mayoría de estos restos habían tenido mejor conservación en las edificaciones civiles que en las eclesiásticas - como los restos del Cid que se encontraban en una capilla del Ayuntamiento de Burgos o los de Lanuza en la Casa Lonja de Zaragoza -.
El Gobierno, por Decreto del 10 de junio de 1869, vinculó la inauguración del Panteón a la ratificación de la nueva Constitución - la vinculación servía para marcar el carácter regenerador de la Revolución y sancionar la grandeza de su triunfo -. Entre los personajes que debían estar enterrados en el Panteón se incluían a muchos de los que el padre Martín Sarmiento había reseñado en su 'Sistema de Adornos': el Arcipreste de Hita, Cervantes, Luis Vives, Viriato, Elcano, el Cid, Guzmán el Bueno, Gonzalo de Córdoba, Lanuza, padre Mariana, Cisneros, Quevedo, Arias Montano, Lebrija, Jovellanos, el conde de Aranda, Campomanes, Alonso Cano, Juan de Juanes, Herrera, Villanueva, Ventura Rodríguez, Gracilaso, Ercilla, Calderón, Tirso de Molina, Moreto, Meléndez, Jorge Juan, Gravina y Churruca.
Finalmente, con el rechazo de la derecha, el 20 de junio de 1869 se inauguró el Panteón, incluidos Te Deum, cien cañonazos y procesión de varios carros, cada uno de los cuales representaba a cada uno de los 'panteonizados', una comitiva de cinco kilómetros. Desde el principio, el panteón tuvo en contra a las fuerzas conservadoras, una escasa financiación y localidades que tenían a muertos ilustres no querían enviarlos a Madrid y quedarse sin reclamos turísticos. Los franciscanos y clérigos de la Obra Pía (a la que había pertenecido San Francisco) reclamaban el edificio, lo que obtuvieron en noviembre de 1869. Después el Panteón pasó a ser jurisdicción del Ministerio de Estado y se inicia su disolución, restituyendo los cuerpos que habían sido trasladados a los lugares de origen. San Francisco el Grande volvió a tener culto, el proceso culminaría en 1926, con Primo de Rivera, con la vuelta de la propiedad del convento a los franciscanos.
El Panteón fue le fracaso de la concepción ilustrada, entendido como una lección de Historia Nacional en la que todos iban a reconocerse, al encontrar en su interior los restos de los Padres de la Patria de todas las tendencias, cosa que no sucedió.
La nueva ubicación del Panteón en el Convento de Inválidos de Atocha quedó sin terminar, la Corona lo hizo suyo, y prefirió enterrar sólo a héroes militares. En 1901 se trasladaron a él los restos de José Rebolledo de Palafox y Melci (los restos fueron trasladados a la Basílica del Pilar de Zaragoza en 1958), Francisco Javier Castaños Aragorri (los restos fueron trasladados a la Iglesia de la Encarnación en 1963) y Juan Prim i Prats (los restos son trasladados al Monasterio de Santes Creus de Reus en 1971). Con el tiempo también se acogió allí a políticos como Cánovas, Sagasta y Ríos Rosas.
En 1911, los restos de Agustín de Argüelles Álvarez, Juan de Dios Álvarez Mendizábal, José María Calatrava y Martínez, Diego Muñoz-Torrero y Ramírez Moyano, Francisco de Paula Martínez de la Rosa y Salustiano de Olózaga Almondoz, que se encontraban en el mismo mausoleo, fueron trasladados al Panteón, desde el ruinoso cementerio de San Nicolás, donde se encontraban desde 1853. En un principio, la idea de enterrar en el 'Panteón de la Corona' a los fundadores del liberalismo fue rechazada por Alfonso XIII. Sin embargo, el Presidente del Congreso, el liberal Álvaro de Figueroa y Torres 'I Conde de Romanones', insistió y su traslado quedó engrandecido al coincidir con la celebración del centenario de las Cortes de Cádiz.
Resaltar que la parcialidad del Panteón de Hombres Ilustres (Panteón de Atocha) llevó a que se crease otro Panteón de Hombres Ilustres (Panteón de Artistas) integrado por artistas y literatos, que desde el patriotismo querían reivindicar el hecho de haber contribuido a la grandeza de España. Aunque las gestiones comenzaron antes, es en 1900 cuando la Asociación de Escritores y Artistas Españoles (promotora de la institución) obtiene un terreno donado por la Real e Ilustre Archicofradía de San Miguel en la sacramental del Cementerio de San Justo (entre el Paseo de la Ermita del Santo y la Vía Carpetana). El 24 de mayo de 1902 se exhumaron los restos de Mariano José de Larra, José de Espronceda y de Eduardo Rosales se trasladaron al Museo del Prado, donde quedaron depositados hasta que al día siguiente se inauguró el Panteón y se inhumaron en él. El Panteón de Artistas, entre otros, recogería después los restos de Leandro Fernández de Moratín, Ramón Gómez de la Serna, Maruchi Fresno, Carmen Conde, Luis Escobar y Rafaela Aparicio. |